設立までに時間と手続きがかかる

NPO法人は任意団体と違い、法人格を得るために厳格な手続きが必要です。

活動内容や規約（定款）の作成

最低10人以上の役員・社員の確保

所轄庁への申請と認証
これらを経て登記を行うため、数か月以上かかるのが一般的です。
気軽に始めたい人にはハードルが高いといえます。

運営における義務が多い

NPO法人になると、社会的信用が高まる反面、情報公開や報告義務が課されます。

毎年の事業報告書・計算書類の提出

活動状況や財務内容の公開

定期的な総会の開催
など、任意団体に比べて事務的な負担が大きくなります。

資金面の厳しさ

「非営利」とはいえ収益事業は可能ですが、営利法人のように利益を自由に分配できません。
そのため、

会費や寄付金に依存しやすい

助成金に頼ると継続性が不安定になる

資金繰りが難しくなりやすい
といった課題が生じます。

人材確保の難しさ

多くのNPO法人は、給与水準を高く設定できないため、有能な人材を雇用しづらい傾向があります。
また、ボランティアに依存する場合は、人の入れ替わりが多く、安定した活動運営が難しくなることもあります。

税制上の優遇が限定的

「NPO法人だから税金が免除される」と思われがちですが、実際には一般の法人とほぼ同じ課税が行われます。
特に、寄付金の税制優遇が受けられる「認定NPO法人」になるには、さらに厳しい条件を満たす必要があります。

まとめ

NPO法人は「社会的信用」や「法人格」という強みがある一方で、設立・運営コストの高さ、資金確保の難しさ、人材問題といったデメリットも存在します。
活動の目的や規模に応じて、NPO法人化するか、それとも任意団体のままで進めるかを慎重に検討することが大切です。