インボイス制度への対応を進めている中で、「登録番号の通知が請求書の発行に間に合わなかった」「インボイスを発行するのが遅れてしまった」「取引先からインボイスを求められたのに準備できていない」といったケースがあります。

インボイスの発行が間に合わなかった場合でも、すぐに取引や消費税の処理ができなくなるとは限りません。状況に応じて、後から適格請求書を交付したり、すでに発行した請求書と関連付けて不足している情報を補ったりするなどの対応が考えられます。

一方で、インボイス発行事業者として登録しているのか、登録申請中なのか、そもそも登録していないのかによって対応は異なります。

特に重要なのが、登録番号の通知が間に合わなかったケースと、インボイスそのものの交付が遅れたケースを分けて考えることです。

本記事では、インボイスが間に合わなかった場合の具体的な対処法、登録番号の通知が遅れた場合の対応、取引先への連絡方法、仕入税額控除への影響、請求書を後から修正する場合の注意点について詳しく解説します。

インボイスが間に合わなかった場合でも対処できる

インボイスの発行が予定より遅れてしまった場合でも、状況に応じて後から対応できます。

たとえば、すでに通常の請求書を取引先へ渡しているものの、適格請求書に必要な登録番号を記載できなかったケースが考えられます。

この場合、登録番号の通知を受けた後に、すでに交付した請求書との関連性を明らかにしたうえで、不足している登録番号を追加で通知する方法があります。

国税庁も、登録番号の通知が間に合わない場合について、登録番号のない請求書等を先に交付し、通知後に改めてインボイスを交付し直す方法や、登録番号を後から書類・メールなどで知らせる方法などを示しています。

そのため、「インボイスの発行が間に合わなかったからすべてやり直さなければならない」とは限りません。

インボイスが間に合わなかったときの主な対処法

インボイスが間に合わなかった場合には、状況に応じて対応方法を選ぶ必要があります。

代表的な方法としては、後日インボイスを交付する方法、すでに交付した請求書に不足情報を追加する方法、請求書を修正して再交付する方法などがあります。

どの方法が適切かは、なぜインボイスが間に合わなかったのかによっても変わります。

たとえば、登録番号の通知だけが間に合わなかったのであれば、番号を後から通知する対応が考えられます。

一方、請求書そのものを発行していなかった場合には、取引内容を確認したうえで適格請求書を交付する必要があります。

登録番号の通知が間に合わなかった場合

インボイス発行事業者の登録申請を済ませていても、登録番号の通知が請求書の発行時期に間に合わない場合があります。

このようなケースでは、登録番号の通知を受けるまでの間に、登録番号が記載されていない請求書等を交付することが考えられます。

その後、登録番号の通知を受けたら、すでに交付した請求書との関連性を明らかにしたうえで、登録番号を追加で通知する方法があります。

また、登録番号を記載した適格請求書を改めて交付し直す方法もあります。

重要なのは、取引先がどの請求書に対する登録番号なのかを明確に把握できるようにすることです。

複数の請求書を発行している場合は、請求書番号や取引日、取引金額などとの関連性を明確にしておきましょう。

インボイスを後から交付する場合の注意点

インボイスの交付が遅れた場合は、取引先へ速やかに連絡することが大切です。

取引先側では、仕入税額控除に必要な書類を管理している可能性があります。

そのため、「いつインボイスを交付できるのか」「どのような形で交付するのか」を伝えておくと、経理処理を進めてもらいやすくなります。

たとえば、登録番号の通知待ちであることが原因なら、その旨を説明したうえで、番号が通知され次第、追加情報を送付することを伝える方法があります。

取引先との認識に違いが生じないよう、メールなど記録が残る方法で連絡しておくことも有効です。

インボイスの登録申請自体が間に合わなかった場合

「請求書の発行が間に合わなかった」というケースと、「インボイス発行事業者の登録申請が間に合わなかった」というケースは分けて考える必要があります。

インボイスを発行するためには、原則として適格請求書発行事業者として登録を受ける必要があります。国税庁では、適格請求書発行事業者の登録申請をe-Taxなどで行えるようにしています。

登録申請の期限を過ぎてしまった場合は、いつの取引からインボイスを発行できるのかを確認する必要があります。

特に、免税事業者が翌課税期間の初日から登録を受けたい場合には、所定の期限までに登録申請を行う必要があります。期限後に提出した場合、希望する課税期間の初日から登録を受けられない場合があります。

したがって、「インボイスを発行するのが遅れた」のか「登録申請が遅れた」のかを最初に整理することが重要です。

インボイス登録が遅れた場合はいつから発行できるのか

インボイス発行事業者として登録されていない期間について、原則として適格請求書を発行することはできません。

そのため、登録申請が遅れた場合は、登録日を確認する必要があります。

登録日より前の取引について、登録事業者であることを前提としたインボイスを発行することはできないため注意が必要です。

一方、登録申請を済ませていて登録番号の通知だけが遅れている場合には、状況が異なります。

登録番号の通知が届いていない場合でも、一定の方法で後から登録番号を補う対応が認められています。

取引先からインボイスを求められた場合の対応

インボイスの発行が間に合わなかった場合、取引先から「インボイスを送ってほしい」と依頼されることがあります。

この場合は、まず自社がインボイス発行事業者として登録されているかを確認しましょう。

登録済みであれば、取引内容を確認して適格請求書を交付します。

登録番号の通知がまだの場合には、登録番号が通知されるまで待ってもらう方法や、先に請求書を交付して後から登録番号を通知する方法などを検討できます。

登録していない場合は、適格請求書を発行できないため、取引先にその事実を伝える必要があります。

この場合、取引先側の仕入税額控除について経過措置が適用される可能性もあります。

インボイスが遅れると仕入税額控除はどうなるのか

インボイスがすぐに用意できない場合、取引先側が気にするのが仕入税額控除への影響です。

インボイス制度では、原則として適格請求書などの保存が仕入税額控除の要件となっています。

そのため、取引先としては適格請求書を適切に保存できる状態にしておく必要があります。

ただし、インボイスの交付が遅れたからといって、必ず直ちに仕入税額控除ができなくなるという単純な話ではありません。

後日適格請求書を受け取り、必要な保存要件を満たすことで対応できる場合があります。

具体的な会計処理については、取引先側の経理処理や申告状況によって確認が必要です。

インボイスを後から修正することはできるのか

すでに請求書を交付した後に記載内容の誤りが判明した場合には、修正した適格請求書を交付するなどの対応が必要になる場合があります。

たとえば、登録番号を記載し忘れた、税率ごとの消費税額を誤って記載した、取引金額に誤りがあったなどのケースです。

重要なのは、元の請求書との関連性を明確にすることです。

修正したインボイスだけを突然交付すると、取引先がどの取引に対応する書類なのか分からなくなる可能性があります。

そのため、請求書番号や取引日などを利用して、元の請求書との関係が分かるようにしておきましょう。

インボイスの発行が遅れた場合は取引先への連絡が重要

インボイスの交付が遅れそうなことが分かった時点で、取引先へ連絡しておくことをおすすめします。

特に法人間の取引では、取引先の経理担当者が請求書をもとに支払処理や仕入税額控除の処理を行っている可能性があります。

何も連絡せずに後からインボイスを送付すると、経理処理が二重になったり、請求書の差し替えが必要になったりする可能性があります。

「インボイスの発行が遅れている理由」「いつ頃交付できるのか」「後からどのような形で送るのか」を簡潔に伝えておくとよいでしょう。

インボイスが間に合わなかった場合のメール連絡例

取引先へ連絡する場合は、難しい説明をする必要はありません。

たとえば、登録番号の通知が遅れている場合は、次のような内容で伝えることができます。

・インボイス登録番号の通知が現在未着となっていること

・登録番号の通知後に改めて番号を案内すること

・既に交付済みの請求書との関連性が分かる形で案内すること

実際の対応方法については、自社の登録状況や取引内容に合わせて調整する必要があります。

インボイスの発行が間に合わないときに確認すること

インボイスが間に合わなかった場合は、焦って請求書を作り直す前に、自社の状況を整理しましょう。

まず確認したいのは、適格請求書発行事業者として登録済みなのか、登録申請中なのか、登録していないのかという点です。

次に、今回の取引についてすでに請求書を交付しているのか、まだ交付していないのかを確認します。

さらに、登録番号だけが不足しているのか、それとも税率や消費税額など複数の記載事項に問題があるのかも確認しましょう。

状況を整理することで、後から番号を通知すればよいのか、インボイスを再交付する必要があるのかを判断しやすくなります。

インボイス登録申請を忘れていた場合の注意点

インボイス登録申請そのものを忘れていた場合には、登録番号の通知が遅れているケースとは対応が異なります。

国税庁の案内では、一定の場合に、やむを得ない事情によって必要な届出書を期限までに提出できなかった場合の救済措置が示されています。

ただし、単純な提出忘れが「やむを得ない事情」に該当するわけではありません。国税庁は、災害など本人の責任によらない事情や、それに準ずる事情などを例として示しています。

したがって、登録申請を忘れていた場合は、自己判断で「後から登録できる」と考えるのではなく、現在の登録状況と希望する登録時期を確認する必要があります。

インボイスが間に合わなかったときは早めに確認する

インボイスに関する対応が遅れてしまった場合でも、まず状況を正確に把握することが重要です。

特に「登録番号の通知が遅れている」「請求書の発行が遅れている」「登録申請そのものが遅れている」の3つは、それぞれ対応が異なります。

登録番号の通知が遅れている場合には、後から登録番号を通知したり、インボイスを再交付したりする方法が考えられます。

一方、登録申請自体が遅れている場合は、希望する登録日からインボイスを発行できない可能性があるため、早めに確認することが重要です。

まとめ

インボイスが間に合わなかった場合でも、状況に応じて後から対応できるケースがあります。

特に、インボイス登録番号の通知が請求書の発行に間に合わなかった場合には、登録番号のない請求書を先に交付し、登録番号の通知後に追加で知らせたり、適格請求書を改めて交付したりする方法が示されています。

一方で、インボイス発行事業者の登録申請そのものが遅れている場合は、登録番号の通知が遅れているケースとは対応が異なります。登録を受けていない期間については、原則として適格請求書を発行できないため注意が必要です。

インボイスが間に合わなかったときは、まず自社の登録状況を確認し、どの部分が遅れているのかを整理しましょう。そのうえで、取引先に状況を説明し、必要な書類をできるだけ早く交付することが大切です。

また、インボイス制度では、適格請求書などの保存が仕入税額控除の要件となるため、取引先側の経理処理にも配慮する必要があります。

判断に迷う場合や、登録時期・消費税の申告に影響するケースでは、国税庁のインボイス制度に関する案内や税務署などで個別の状況を確認すると安心です。